พื้นที่นวัตกรรมการศึกษาจังหวัดสตูล เป็นหนึ่งในพื้นที่นำร่องเพื่อการปฏิรูปการศึกษา จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ กำหนดให้สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดในพื้นที่นวัตกรรมการศึกษารับผิดชอบงานธุรการของ “คณะกรรมการขับเคลื่อนพื้นที่นวัตกรรมการศึกษา” ซึ่งเปรียบเสมือนกระทรวงศึกษาธิการในพื้นที่ และยังมีอำนาจหน้าที่ด้านงานวิชาการ
มีสถานศึกษานำร่อง จำนวน 10 โรงเรียน ได้แก่
- โรงเรียนบ้านห้วยน้ำดำ
- โรงเรียนบ้านทางงอ
- โรงเรียนบ้านควนเก
- โรงเรียนอนุบาลมะนัง
- โรงเรียนบ้านเขาจีน
- โรงเรียนวัดหน้าเมือง
- โรงเรียนอนุบาลสตูล
- โรงเรียนบ้านโกตา
- โรงเรียนบ้านบ่อเจ็ดลูก
- โรงเรียนบ้านทุ่งสภากาชาดอุปถัมภ์ 2550
